首先，在清洗之前要对水质进行采样分析，调查了解设备运行使用情况，判断污垢主要成分，根据水质分析、系统材质和设备系统运行与结垢情况制订清洗方案。

中央空调循环水系统清洗污垢具体操作步骤分为：
1.清水冲洗：启动系统循环水泵，用大流量的清水尽可能地冲洗掉系统中的灰尘、泥沙、脱落的藻类及腐蚀产物等疏松的污垢，以节约用清洗药剂量，降低清洗成本，为下一步的化学清洗做准备。
2.杀菌剥离：排放出污水后补充清水，在循环水系统内的冷却塔和膨胀水箱中分别一次性地加入杀菌剥离剂，杀死系统中菌藻类微生物，并使设备、管道内表面附着的生物粘泥剥离脱落；通过水泵循环运行12-24小时，进行杀菌灭藻剥离污垢，最后从最低点排放污水。
3.清洗除垢：系统补入清水后加入具有溶垢、渗透与分散作用的清洗剂和清洗缓蚀剂，启动水泵将管道系统内的浮锈、水垢、油污等清洗下来，分散于水中，随水排出，还原清洁的金属表面。循环清洗两次，每次12小时，并要求加清水置换排污至浊度小于20ppm即视为清洗结束，最后将Y型过滤器上的过滤网拆开，蘸药剂手工清洗干净。